Tag: 生物信息学

序列比对算法使用一组字符而不是一个字符

我从关于对齐算法的一些细节开始，最后，我问我的问题。 如果你知道对齐算法通过开头。 考虑我们有两个字符串： ACCGAATCGA ACCGGTATTAAC 有一些算法如： Smith-Waterman或Needleman-Wunsch ，它们对齐这两个序列并创建一个矩阵。 看看以下部分的结果： Smith-Waterman Matrix § § ACCGAATCGA § 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 A 0 4 0 0 0 4 4 0 0 0 4 C 0 0 13 9 4 0 4 3 9 4 0 C 0 0 9 22 […]

算法帮助！ 使用其伙伴搜索字符串的快速算法

我正在寻找一个快速的搜索目的算法用于一个巨大的字符串（它是一个由数亿到数十亿个字符组成的生物基因组序列）。 此字符串中只有4个字符{A，C，G，T}，“A”只能与“T”配对，而“C”与“G”配对。 现在我正在寻找两个子串（{minLen，maxLen}之间的子串的长度约束，以及{intervalMinLen，intervalMaxLen}之间的间隔长度），它们可以反平行地相互配对。 例如，字符串是：ATCAG GACCA TACGC CTGAT 约束：minLen = 4，maxLen = 5，intervalMinLen = 9，intervalMaxLen = 10 结果应该是 “ATCAG”配对“CTGAT” “TCAG”配对“CTGA” 提前致谢。 更新：我已经有了确定两个字符串是否可以相互配对的方法。 唯一的问题是进行详尽的搜索是非常耗时的。